L'histoire se déroule à Koza, sur l'île d'Okinawa, près de la base américaine de Kaneda. De nos jours (septembre 2005). Saya vit normalement sous la protection de sa famille adoptive. La jeune fille prépare alors une compétition de saut en hauteur. Atteinte d'une "maladie" elle se voit obligée de se faire transfuser régulièrement. Saya ne se souvient ni de son passé, ni de ses origines. Or un jour elle se fait attaquer par un monstre, appelé Chiroptère. C'est alors qu'un mystérieux homme apparaît, surgissant de son passé, et lui sauve la vie... La mémoire de Saya refait doucement surface, et elle doit reprendre son combat (oublié) contre les chiroptères.

    Les chiroptères sont des créatures en forme de chauve-souris, d'origine inconnue. Elles possèdent une force et une vitesse surhumaine, ainsi que des facultés de régénération. Elles sont également capables de voler en transformant leurs bras en ailes. Dans le film Blood: The Last Vampire , Saya note que le seul moyen de les combattre est d'utiliser une arme tranchante efficace causant un saignement abondant. Ce point est modifié dans l'anime pour inclure la capacité du sang de Saya à les tuer, bien que la décapitation semble également fonctionner.